妻・榛名（宮﨑あおい）の出産を心待ちに、本庄病院での仕事にいつも以上に邁進する栗原一止（櫻井 翔）。一止達の住まいである御嶽荘にも新たな住人・屋久杉（濱田岳）が来て、男爵（原田泰造）ともども新たな生活を満喫している。そんな一止の前に大学時代の同期・進藤辰也（藤原竜也）が現れる。かつて「医学部の良心」と言われていたエリートが血液内科医として、同じ病院に赴任してきたのだった。親友との再会を喜ぶ一止だったが、辰也は勤務時間が終わるとすぐに帰ってしまい、時間外の呼び出しにも応じない。自分の生活を犠牲にしてでも患者のためにつくそうとする一止は、辰也のそんな姿勢に疑問を感じ、かつての親友と衝突してしまう。ある日、看護師の説得にも応ぜず家に帰ろうとする辰也に一止はついにコーヒーを浴びせてしまう。だが、熱くなった一止は逆に辰也から問われてしまう――。
「立派な医者ってなんだ？
お前がいつも病院にいるってことは、その間ずっと家族のそばにはいられないってことだ
夫婦って何なんだ？」
一止にそう言い放った辰也にも実は妻・千夏（吹石一恵）とのある事情が隠されていたのだった…。そんな折、一止の恩師である貫田内科部長（柄本明）が院内で倒れてしまう。皮肉にも病の床に伏して初めて妻・千代（市毛良枝）との夫婦の時間を持つことが出来た貫田だったが、残された時間は既にわずかなものになっていた…。
仕事を取るか“家族”を取るかですれ違ってしまう辰也と千夏――
“家族”を犠牲にして医療に従事してきた貫田とそれを支えてきた千代――
そして、新たな命を授かり“家族”を築こうとしている一止と榛名――
人の命を扱う医療の現場でも、夫婦はぞれぞれの事情を抱えながら、それぞれのドラマを展開していく。一止は「医師という仕事の難しさ」とともに「家族の意義」という壁に突き当たり、激しく葛藤する。かつては志を同じくした友を失いかけ、尊敬していた師が最期を迎えようとしており、出産を控えた妻とは満足な時間が持てないでいる。医師として人間として心が揺れ動き、拠り所を見出せずにいる一止に、貫田は自分の命を削って作った「神様のカルテ」を継承して言葉をかける。
「それでも希望はある。――それは君たちだ」
師から望みを託された一止たちが最後に出来ることはあるのだろうか…？
